Podstawowym celem działalności pedagogicznej szkoły przyszpitalnej na rzecz uczniów-pacjentów jest realizacja wynikających z obowiązku szkolnego celów i zadań zawartych w podstawie programowej i w wybranych programach nauczania, w tym terapeutycznych.

Realizowane zajęcia dydaktyczne zapewniają ciągłość edukacji uczniów, przez co umożliwiają im eliminowanie braków związanych z nieobecnością w macierzystych szkołach spowodowaną chorobą i hospitalizacją, jak również zdobycie wiedzy i umiejętności niezbędnych w szkole podstawowej.
Zespół szkół jest zatem kontynuatorem realizacji celów i zadań macierzystych szkół uczniów. Wszystkie lekcje i wszelkie zajęcia prowadzone przez nauczycieli – wychowawców mają charakter terapeutyczny i wymagają odpowiednich metod pracy pedagogicznej, indywidualnego podejścia do każdego ucznia hospitalizowanego, jak również specyficznych pomocy dydaktycznych.

Szkoła stwarza warunki do samoedukacji uczniów przy pomocy nauczyciela – przewodnika, doradcy i konsultanta. Stawia w centrum osobę ucznia-pacjenta, umożliwiając mu we właściwym dla niego tempie wszechstronny rozwój w dostępnym mu zakresie, uwzględniając zależne od schorzeń poziomy wysiłkowe dzieci. Podczas zajęć uczniowie motywowani są do aktywnego i twórczego uczenia się, rozwijają swoje zdolności i umiejętności, mają szansę osiągnięcia sukcesu na miarę swoich możliwości, wszystko to w atmosferze życzliwości i zrozumienia dla sytuacji zdrowotnej ucznia. Przezwyciężaniu poczucia zmniejszonej wartości dzieci, których aktywność jest znacznie ograniczona pobytem w szpitalu sprzyja również możliwość udziału w konkursach organizowanych na terenie szkoły i poza nią, w konkursach międzynarodowych, miejskich, wojewódzkich i ogólnopolskich, a także prezentowanie osiągnięć uczniów przez organizowanie galerii prac. Wysiłek i efekty pracy chorych uczniów są często nagradzane pochwałą, oceną wykonanych prac i prezentacją dorobku uczniów na wystawach.

Głównym zadaniem szkoły jest więc przede wszystkim wspomaganie procesu leczenia i adaptacji ucznia do nowego środowiska oraz zapobieganie ujemnym skutkom, które powstają na tle niekorzystnej sytuacji zdrowotnej i psychicznej ucznia, wynikającej z choroby i oderwania od środowiska rodzinnego. Stąd też wszelkie prowadzone w niej zajęcia przyczyniają się do eliminowania braków edukacyjnych oraz łagodzenia dolegliwości związanych z chorobą, nowym środowiskiem szpitalnym, czy uczuciem osamotnienia w trudnych chwilach. Możliwe jest to dzięki stosowaniu metod terapeutycznych (elementów arteterapii, muzykoterapii i biblioterapii), mających dodatni wpływ na proces zdrowienia i wspomagających działania pracowników służby zdrowia w procesie leczenia oraz rodziców uczniów-pacjentów w realizowaniu funkcji opiekuńczo-wychowawczej.